เนื้อเรื่องของ Assassin's Creed Syndicate จะกล่าวถึงปัญหาความเหลื่อมล้ำของสังคมทุนนิยม ที่เกิดขึ้นหลังยุคปฏิวัติอุตสาหกรรม เกิดช่องว่างระหว่างคนรวยกับคนจน ทำให้นายทุนร่ำรวยและมีอำนาจมาก ส่วนชนชั้นแรงงานก็ถูกให้ทำงานเยี่ยงทาศและยากจน จนทำให้เกิดแก๊งมาเฟียใต้ดินจากการรวมตัวของชนชั้นต่ำ เพื่อต่อต้านระบบนายทุน โดยสองตัวละครหลักของภาคนี้ คือ Jacob Frye และ Evie Frye สองพี่น้องสังกัดลัทธินักฆ่า ซึ่งผู้เล่นจะได้รับบทเล่นตัวละครทั้งสองตัวเลยสลับกันไป โดย Jacob มีนิสัยเลือดร้อน เน้นบู๊แหลก เป็นหัวหน้าแก๊งกลุ่มต่อต้านใต้ดินนี้ ส่วน Evie จะมีนิสัยตรงข้าม เขาใจเย็น เน้นหลบซ่อนและลงมืออย่างแม่นยำ ศัตรูของพวกเขาก็คือแก๊งคู่ปรับที่ชื่อ Plutocrats และแน่นอนรวมถึงพวกคู่ปรับเก่าอย่าง Templar ด้วย